מצוות פרה אדומה נחשבת 'כללות התורה', והיא משקפת עניינים מרכזיים בכל התורה והמצוות. לכן נאמר בתחילת הפרשה "זאת חוקת התורה" (ולא "זאת חוקת הפרה"), כי מצווה זו היא תמציתה של התורה כולה. אחד העניינים האלה בא לידי ביטוי בשתי הפעולות העיקריות שיש לעשות בפרה: לשרוף את הפרה, ולערבב את אפרהּ במים ("ונתן עליו מים חיים אל כלי"). האש והמים מבטאים שתי תנועות הפוכות. האש עולה למעלה, מתוך כיליון ומשיכה עזה לשורשהּ העליון. לעומתה, המים יורדים מלמעלה למטה, וכל עוד הם יכולים לרדת לדרגה נמוכה יותר, אין הם שוקטים, עד שהם מגיעים לנקודה התחתונה ביותר.
שתי התנועות האלה עומדות בבסיס עבודתו הרוחנית של יהודי. צריכה להיות בו תשוקה עזה להתעלות ולדבוק בשורשו האלוקי, עד כדי רצון להינתק מכל ענייני העולם ולהתחבר עם מקורו העליון. ועם זה עליו להוריד את האור האלוקי עד למטה-מטה, כדי שגם הרבדים התחתונים של חיי העולם הגשמי יתקדשו בקדושה האלוקית. הנשמה והגוף מייצגים את שתי התנועות האלה. הנשמה היא בבחינת "נר ה' נשמת אדם", והיא שואפת כל הזמן למעלה, ו"חֶפְצה וחֶשְקה בטבעה לידבק בשורשה ומקורה, בקב"ה". ואילו הגוף שורשו מן העפר, וטבע העפר לרדת למטה.
האדם נדרש לחבר את שתי התנועות האלה, ועל החיבור הזה מבוסס כל עניין התורה והמצוות. האדם נדרש שיהיו בו שתי התנועות האלה, המכונות 'רצוא' ו'שוב', שיחד הן יוצרות שלמות אחת. צריכה לבעור בו אש של תשוקה אל הקב"ה. עליו להיות מלא בַשאיפה להקריב לקב"ה את עצמו ואת כל ענייני העולם שהוא בא איתם במגע. בה-בעת עליו לפעול להורדת הקדושה מלמעלה למטה, עד שגם העניינים התחתונים של העולם הגשמי יוארו באור האלוקי.
השילוב הזה מוצא לפועל על-ידי שני קווי עבודה מרכזיים בחיי היהודי – התפילה ולימוד התורה. התפילה עניינה שאיפה למעלה, ולכן התפילות באות במקום הקרבנות, שעניינם העלאת הבהמיות באש העולה למעלה. ואילו התורה נמשלה למים, ועל-ידי לימוד התורה (וקיום המצוות) מורידים את הקדושה האלוקית למטה. החידוש של מצוות פרה אדומה הוא שהפרה כולה צריכה להיות לאפר. הדבר מסמל אש גדולה כל-כך וצימאון עצום כל-כך, ה'שורפים' את כל מציאותה של ה'פרה' שבנפש האדם, את 'הנפש הבהמית' שבנו. ועם זה, גם כשעומדים בהתעלות רוחנית אדירה כל-כך, צריך שיהיו גם 'מים', דבר המסמל את הירידה למטה, כדי להחדיר את הקדושה העליונה ביותר עד הדרגה התחתונה ביותר בנפש האדם ובעולם. (התוועדות תש"נ)
